《意見》提出動物疫病監測實施的5項基本原則：

一是病原學監測和抗體監測相結合。在做好免疫抗體監測的基礎上，根據轄區內疫病流行形勢有重點地開展感染抗體監測和病原學監測，及時發現風險隱患。

二是監測和免疫評估相結合。要充分發揮監測在免疫效果評估、免疫退出評估中的作用，根據監測評估情況，適時調整免疫政策。

三是主動監測與被動監測相結合。主動監測要確保各個環節監測全面覆蓋，適度將監測資源向高風險環節傾斜。被動監測強化臨床巡查和報告，對不明原因死亡的畜禽及時采樣監測。

四是常規監測與緊急監測相結合。各地要進一步強化常規監測與緊急監測工作的協同性，在發生重大動物疫情或重大動物疫病監測陽性時，應立即啟動緊急監測。

五是疫病監測與凈化相結合。要通過持續主動監測引導養殖企業自主開展動物疫病凈化，按照動物疫病凈化場、無疫小區和無疫區的評估和日常管理要求，組織做好動物疫病凈化場、無疫小區和無疫區的評估監測和凈化效果維持監測。

《意見》明確了動物疫病監測的重點任務：

按照《監測計劃》任務分工，重點對非洲豬瘟、動物流感、口蹄疫、布魯氏菌病、小反芻獸疫、馬鼻疽、馬傳染性貧血、血吸蟲、包蟲病、豬繁殖與呼吸綜合征、豬瘟、新城疫、牛結核病、狂犬病、非洲馬瘟、牛傳染性胸膜肺炎、牛結節性皮膚病等疫病開展監測，各病種具體監測情況按照《監測計劃》執行，集中優勢資源在重點區域、重點場所、重點環節開展監測活動。各省可結合自身實際，在做好以上疫病監測的基礎上，根據風險評估情況，適當擴大監測病種、范圍，重點做好新發、重發、多發動物疫病的監測。

（一）重大動物疫病

非洲豬瘟，要在做好日常監測的基礎上，強化監測布局的針對性。加強生物安全條件較差的養殖環節、運輸環節和運輸落地后的監測巡查，強化市場、屠宰廠（場）、無害化處理廠、交易市場等高風險環節的監測，陽性樣品可進一步開展變異株、基因缺失株的監測。

口蹄疫，要強化免疫薄弱環節的血清學監測，邊境省份要強化動物集散地等高風險環節的病原學監測。

高致病性禽流感，要做好免疫抗體監測及病原學監測，加強水禽、散養家禽、特種禽、野禽與家禽的界面監測，及時發現疫情風險;無疫區要重點做好非免疫抗體監測及病原學監測。

小反芻獸疫，免疫地區要繼續強化免疫效果監測，非免疫地區要強化風險監測，做好監測剔除和風險評估，主要消費區域要加強運輸環節和運輸落地后的巡查監測。

（二）重要人畜共患病

布魯氏菌病，要區分免疫場和非免疫場，強化感染抗體監測，重點要做好牛羊養殖大縣、牛羊混養區的監測工作。

牛結核病，要強化種牛、奶牛場的監測、凈化。

炭疽，要加強雨季和災后監測。

包蟲病，要強化疫區免疫效果監測、自宰牛羊臟器的病原學監測和犬糞的病原學監測。

血吸蟲病，南方水網地帶要強化家畜抗體監測和中間宿主釘螺的病原學監測。

狂犬病，要強化犬、貓等動物病例報告后的主動排查和監測。

（三）其他動物疫病

豬瘟和豬繁殖與呼吸綜合征，要強化免疫薄弱環節的監測，有條件的省份可進行流行毒株的變異監測。

牛結節性皮膚病，要加強夏季采樣監測力度和跨區域調運的輸入性風險監測。

牛傳染性胸膜肺炎，要重點加強邊境巡查監測，強化臨床風險評估監測。

非洲馬瘟、馬鼻疽和馬傳染性貧血，要重點監測馬術隊、馬術俱樂部、景區等場所的馬匹，以及養馬（驢）場的馬、驢、騾等馬屬動物。

新城疫，可與禽流感同步安排免疫效果監測和病原學監測。