科學家們對遺傳物質的結構和序列及其與蛋白質的相互作用進行了廣泛的研究，以期了解我們的遺傳和環境如何在疾病中相互作用。這項研究部分集中在“表觀遺傳標記”上，即DNA、RNA和相關蛋白質(稱為組蛋白)的化學修飾。

表觀遺傳標記影響基因何時以及如何開啟或關閉。它們還可以指導細胞如何解釋和使用遺傳信息，影響各種細胞過程。因此，表觀遺傳標記的變化顯著影響基因調控和細胞功能，這意味著它們可能導致疾病。通過研究表觀遺傳標記，研究人員可以闡明它們在健康和疾病中的作用，并有可能發現新的治療途徑。

雖然研究人員可以識別和比較表觀遺傳標記，但了解特定修飾與基因如何工作之間的相關性仍然具有挑戰性。為了幫助克服這個問題，Dan Ohtan Wang博士和Kandarp Joshi博士發明了一種名為epidecodeR的新工具。這個用戶友好的工具發表在《Briefings in Bioinformatics》上，它使生物學家能夠快速檢查一種修飾是否會影響基因在特定情況下的反應。“如果發現正相關，這可能會激勵科學家證實這些發現，幫助他們了解這些基因修飾在各種疾病中的作用，包括癌癥和神經系統疾病。”細胞-材料綜合科學研究所(iCeMS)的Kandarp Joshi博士研究員說。

研究小組使用統計方法根據基因的修改數量對基因組進行分類。他們表明，EpidecodeR可以預測特定修飾的作用，例如改變某些蛋白質或使用藥物，以及這些修飾如何影響基因活性。

“我們使用epidecodeR成功地預測了一種叫做組蛋白去乙?；傅牡鞍踪|是如何影響基因活性的，”領導這項研究的iCeMS客座教授Wang說。“我們還發現epidecodeR在識別可以阻斷另一種稱為RNA去甲基酶的蛋白質的物質方面是有效的，我們探索了組蛋白的變化如何與藥物濫用有關。”

研究人員計劃進行進一步的研究，以提高epidecodeR的準確性和特異性。Joshi說:“我們想要包括更多關于基因在哪里、如何以及有多少修飾發生的細節。隨著數據變得越來越復雜，我們也致力于為用戶提供各種統計測試，以增強工具的功能。”


（文章來源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-3）