采樣收集：采集環境中的樣本，例如水、土壤、空氣等，這些樣本可能含有生物體在環境中釋放的DNA碎片。
提取DNA：因環境樣本較為復雜，故提取是一大困難點。根據樣本種類和研究物種，選擇高效的DNA提取方法是關鍵。
文庫構建：將提取的eDNA樣本進行文庫構建。一般有兩種構建方法，一是宏基因建庫，另一種是eDNA宏條形碼，即擴增子建庫。
高通量測序：經過文庫構建后，使用高通量測序技術，如Illumina、華大智造等，對eDNA樣本進行測序。這些平臺可以高效地產生大量的DNA序列數據。
數據分析：對測序得到的數據進行分析。這可能包括序列比對、物種鑒定、多樣性分析等，用于確定樣本中存在的生物物種及其數量。
eDNA測序技術在生態學、環境監測、物種分布和多樣性研究中具有重要意義。它能夠非侵入性地監測環境中存在的生物種類，幫助研究人員了解特定地區的生物多樣性、環境健康狀況以及生態系統的變化。
通過對eDNA的測序分析，科學家們可以更全面地了解自然環境中的生物多樣性，監測瀕危物種、入侵物種以及環境變化對生態系統的影響。這種技術對于生物保護、環境管理和生態風險評估具有重要的應用價值。
